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本发明提供一种基于含巯基的两性离子多肽修饰的阿霉素衍生物、纳米胶束及其制备方法，属于生物医药领域。该阿霉素衍生物具有通式(I)结构，其制备方法包括：在极性溶剂中，将含巯基的两性离子多肽与丙烯酰肼混合反应后，结晶，得到多肽衍生物；再将多肽衍生物与盐酸阿霉素按照摩尔比1 : 0.2～5溶于极性溶剂中，加入三氟乙酸催化剂，搅拌反应后，得到该阿霉素衍生物。通过该阿霉素衍生物制备的纳米胶束，在体内的血液循环时间长，载药量高，毒副作用小，且具有良好的pH值响应，抑瘤效果佳。